Для завантажувального флешки який краще використовувати порт USB 3.0 або 2.0?

Абсолютно все одно. Як вам вже сказали, ЮСБ3 швидше.

про "вже качаю 3.0", це як? Апаратну частину качаєте, додаткові контакти в роз'єм?

Про визначення, ЮСБ3 має синю пластикову деталь в роз'ємі і купу додаткових контактів, які зовні погано видно.