Чому говорять: «У тебе не всі вдома»?

Тут використаний алегоричний мовний зворот. Голова названа будинку, а мозгі- тими, хто повинен бути в будинку. Тобто мається на увазі приблизно наступне: "У тебе що, мізків не вистачає?"

Не всі вдома - нікому підказати, ні з ким порадитися, нікому виховати, пояснити.

Не впевнений, що це пояснення правильно, але мені воно подобається.

У тебе не всі вдома. Так зазвичай говорять людині, який надходить не адекватно ситуації, загальноприйнятим нормам поведінки. При цьому мається на увазі, що у цієї людини, відсутня частина мозку, тобто її немає вдома, на місці. Іноді це пов'язано з деякими відхиленнями в розумовому розвитку, які помітні оточуючим.

Якщо у тебе" всі вдома", Значить ти відповідаєш загальноприйнятим нормам. Як тільки ти починаєш щось робити не так, як прийнято, тобі заявляють, що "у тебе не всі вдома", Думаю, що такий вислів пов'язано з не розумовими відхиленнями, а скоріше з поведінковими.