Як правильно написати “мишеня” або “мишЁнок”?

В даному випадку необхідно скористатися правилом написання голосних О / Е після шиплячих в суфіксах іменників.

А правило говорить, що в суфіксах іменників під наголосом після шиплячої пишеться голосна "Про".

Отже, слово "мишеня" пишеться через "Про".

До цього правила відносяться також такі слова - Галча, ведмежа, бичок, гачок, дзига, барсучонок, хлопчина, дівчисько ...